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杂交捕获探针

杂交捕获是一种靶向目标富集方法,该方法通过针对目标基因设计捕获探针,捕获富集出高价值的目标基因序列进行测序,提高目标区域的测序深度。通过生物信息学分析,得到目标基因的变异信息,广泛应用于遗传病筛查和肿瘤检测等领域。

bevictor伟德官网入口工业化合成平台可以生产用于解决高通量测序、靶向测序等需求的高质量捕获探针,也可以根据客户需求提供定制化设计服务,捕获效率更高。



捕获探针panel设计

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1. 质量验证(肿瘤5基因KRAS、ALK、ROS1、EGFR、BRAF,与竞品对照)

数量:Baits数量相差不大,主要是对困难区域 

覆盖度:BLG 覆盖度:99.9%;竞品覆盖度:99.0% 

质量:GC 分布相较于竞品更集中;mask 指数分布相当


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2.  设计策略与结果输出

探针一般参数过滤:

gc、mask、Tm等 


Blast映射过滤:

使用Blast 工具将所有baits 回贴至基因组,并且将比对结果进行归类,根据回贴至基因组比对到的个数将探针分为green,yellow,black 


设计策略:

1.  高特异性:只保留特意性高的green探针,去掉yellow和black探针(建议选择)

2.  均衡特异性与覆盖度:保留特意性高的green探针和特异性中等的yellow探针,去掉特异性差的black探针


panel调整策略:

某些区域的覆盖度相对较低:增加该区域的探针含量/针对这部分区域额外设计探针加到原panel

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3.  实验验证


 raw data

Capture efficiency

Mean depth

dup%

Chimeras rate

 fold_80

0.20*mean

 1X
 coverage

 10X
 coverage

 100X
 coverage

肿瘤5基因-竞品I设计

1.157

62.44%

6275.15

36.47%

2.55%

1.31

98.11%

99.70%

99.34%

99.07%

肿瘤5基因-BLG  v2设计

1.157

70.33%

7205.494

33.99%

2.39%

1.24

98.26%

100.00%

99.82%

99.13%

                                                                          肿瘤5基因:KRAS、ALK、ROS1、EGFR、BRAF(CDS区)




服务优势

1. 高效率:采用高通量合成平台结合自动化纯化分装,确保快速交付;

2. 保密性:信息管理系统保证对客户序列信息的保密;

3. 定制化:根据客户研究需求自由组合靶向基因,支持多样本混合捕获;

4. 精确合成:超过99.6%的化学耦合率,低频突变并且每条探针都经过100%质谱检测。

(常规合成碱基错误率在1/1,000左右,特殊合成可以提升到1/100,000以下的错误率。)



服务详情

服务

碱基长度

规格

纯化方式

交付标准

捕获探针

80-120 nt

500 pmol

定制

定制

单管/96孔板

干粉/液体
  可预混分装

*捕获探针产品按条收