捕获探针设计
设计流程
设计优势
1. 多种识别方式:bed格式文件,Fasta 文件格式,GeneSymbol等;
2. 优化的算法:综合考虑了探针的GC 平衡、特异性、探针之间的二聚体、发卡结构等。使用更细的颗粒度寻找最佳探针方案,同时确保使用更少的探针达到覆盖度最大化,减少成本;
3. 灵活的参数选择:可选择1x,2xtiling和overiap等不同的密度模式和不同的参考基因组或者目标序列,不仅限于常见模式生物或者人类基因组:根据序列特异性,极端GC以及结构区域对探针风险进行分级等;
4. 多种设计方案:不同区间采用不同的方案,例如:基因区间和间区、SNP骨架、MSI采用不同的优化算法进行设计;
5. 可持续性:通过spike-in 的方式,可以在原有的panel中另外添加探针形成新的panel;
6. 使用灵活、门槛低:smartbaits采用SOL关系型数据库后端,以最小化需要高内存负载和大量V0计算时间的数据文件问题。用户可以快速使用多个不同的筛选标准重新分析,并最小化使用门槛。
设计报告
捕获探针设计工具链接:
性能测试
1. bevictor伟德官网入口SmartBaits设计工具,设计的panel性能优于竞品Ixx设计工具;
2. 竞品Ixx设计的panel基础上,用SmartBaits专用算法对未覆盖的高度重复困难区域设计探针spike-in,提升覆盖度&捕获效率。
服务流程
服务特点